O Instituto Santo Antônio desde o princípio caracterizou-se como uma escola que nasceu como fruto da boa vontade e abnegação de pessoas generosas, que ofereceram todo o material necessário para o erguimento deste importante centro de educação humana e cristã. Destinava-se a atender exclusivamente crianças pobres, daí seu caráter de gratuidade. Nasceu como Escola Paroquial sob a responsabilidade dos Padres Mercedários tendo como diretora uma leiga, senhora Maria Antonieta Wanderley de Azevedo, no 20 de outubro de 1946.

Depois de estudar as possibilidades e analisar a importância desta missão para a Igreja, a comunidade dos Padres Mercedários em comunicação com a Superiora Provincial da época, Madre Dominica Aramburu, pediu a presença das Irmãs Mercedárias da Caridade para a missão educativa na Escola paroquial, quando no dia 11 de fevereiro de 1959, em resposta ao pedido dos Mercedários, as Irmãs: Gertrudes de Bragança Soares e Maria Isabel Lins de Miranda para formar comunidade e assumir a administração do Instituto Santo Antônio, chegando mais tarde outras Irmãs: Maria dos Anjos Vich e Josefa Uria.

Em 1971 iniciaram-se as obras para o novo prédio para o Instituto Santo Antônio, tendo ainda Irmã Maria Gertrudes como diretora. No ano 1975 até 1981, Irmã Maria das Graças Coelho Alves assumiu a direção do Colégio.
O Colégio foi crescendo e veio renovando sua direção, após Irmã Maria das Graças assumiu essa, a Irmã Maria Antônia Alves de Figueiredo, prestando esse serviço por dois anos.

Em 1983 e 1984 foi diretora a Ir. Eliane Cordeiro de Sousa. Na sequência foram diretoras:

Ano 1985 – Ir. Maria Coramar de Ávila
Ano 2000 – Ir. Maria Luiza Pereira

Em 2006, como conselheiras Provinciais, assumem a direção Irmãs Edna Maria Furtado Rodrigues juntamente com Ir. Maria das Graças Coelho Alves. Irmã Edna permaneceu como diretora até o ano de 2018. No ano seguinte os três colégios do Brasil passaram a ser uma Rede (Rede Mercês de Educação), onde cada Unidade passou a ter um coordenador geral, no caso do Instituto Santo Antônio temos hoje o leigo: Bruno Eduardo Piauilino como coordenador geral, sob a direção geral de Ir. Edna Maria Furtado Rodrigues.

Hoje, o Instituto Santo Antônio é reconhecido por sua educação acadêmica de excelência, uma Escola humana e cristã atendendo alunos desde a Educação Infantil até o Ensino Fundamental em anos iniciais e finais, no período noturno, o Instituto atende a EJA (Educação Jovens e Adultos) em anos iniciais do Ensino Fundamental.
Seguimos assim, a missão e o carisma das Irmãs Mercedárias da Caridade!